小渕第2次改造内閣および第1次森内閣において、国会審議活性化法成立直後の政務次官として、宮澤喜一大蔵大臣を補佐し、重要施策に関する意思決定、国会答弁、国際会議、日本銀行金融政策決定会合への出席等を通じて重要施策の推進に貢献

• ・林芳正の政務次官在任期間中（274日）、国会会期日数は合計183日（第146回・第147回国会）に及び、金融システム改革や財政投融資改革を中心に国会での答弁回数は350回を超える
• ・日本銀行金融政策決定会合にも政府代表として7回出席し意見表明
• ・G20（1999年12月第１回20か国蔵相・中央銀行総裁会議 於：ドイツ国ベルリン）等国際会議や海外出張など、国際的な業務も幅広く担当

• （背景）
• ①国会審議活性化法
• 　1999年7月、「国会審議の活性化及び政治主導の政策決定システムの確立に関する法律」が成立し、国家基本政策委員会の設置、政府委員制度の廃止、副大臣等の設置が決定。この制度改正により、政務次官は国務大臣を補佐するため、議院の会議や委員会に自由に出席できるようになり、国会での答弁を通じて政治主導の政策決定システムの確立に寄与することとされた
• ②政務次官の役割分担・柔軟な対応
• ・衆議院と参議院での答弁は、衆参それぞれの政務次官が担当
• ・日本銀行の金融政策決定会合への出席は、状況に応じて大野政務次官または林政務次官が担当するという柔軟な分担体制が採られ、海外出張や国際会議についても、国会日程や状況に応じて臨機応変に対応する体制とされた

• ・郵便貯金、年金積立金の全額預託義務を廃止し、必要な分だけ市場から財投債(国債)や財投機関債で資金を調達する仕組みへ転換するなど財投システムの抜本改革を盛り込んだ「資金運用部資金法等の一部を改正する法律」が成立（2000年5月）
• ・国会では、今回の改革により従来の自動的に巨額資金が流入し財投が肥大化する問題を解消し、市場原理や財政規律が働くことで、民業補完、償還確実性という財投の原則がより厳密に遵守されるようになること、また、財投対象事業や分野についての政策コスト分析の導入や情報開示の一層の徹底を図ることなどを答弁し、法案成立に貢献

• ・預金全額保護の特例措置終了後（2001年3月末）の預金保険制度及び金融機関の破綻処理に必要な措置（破綻処理の迅速化、金融整理管財人制度・承継銀行制度（ブリッジバンク）、危機的な事態における特例措置の導入等）を盛り込んだ預金保険法等の一部改正法案が成立（2000年5月）
• ・国会では、「市場規律を有効に機能させてなるべく早期に発見して早期に対処していく。仮に金融機関が破綻した場合は、預金者の損失及び預金保険の負担を最小限に止めることが重要であり、回復見込みがなくなった金融機関は早期に処理をする。」との制度設計の基本的考え方や、金融機関のディスクロージャーのあり方について、特例措置終了後は、預金者が自分で判断できるよう、開示内容の充実について取り組んでいくことの重要性について答弁し、法案成立に貢献

• ・当時、経済活動の高度化、国際化に伴い、国際会計基準委員会の抜本的な組織改革とともに主要国の会計基準設定主体との協力を強化する国際的な議論が進められていた。我が国においても、このような動きに対応し、主要国の会計基準設定主体との協力を強化し国際的な議論をリードできる発信能力を国内に備える観点から、2000年4月大蔵省において、産業界、学者、監査人等の民間関係者の参加の下、日本の企業会計基準設定主体のあり方について検討が進められ、民間の会計基準設定主体に確保されるべき要件（独立性、専門性・多様性、常設、国際性等）、組織・運営のあり方などが整理された（同年6月）。これらの議論の集約に貢献
  その後、現在の企業会計基準員会（ASBJ）、運営主体の財団法人財務会計基準機構（FASF）の設立へとつながる

• ・日本銀行金融政策決定会合に7回出席。政府代表として、現状認識や財政運営について説明し、日銀の金融政策運営に対する意見を表明
• ・1999年2月から導入されていたゼロ金利政策の解除を巡って様々な議論がなされていたが、出席が最後となった2000年6月12日の会合では、林芳正は雇用情勢や個人消費、米国経済の不透明感を指摘し、景気回復のために日銀が弾力的な資金供給を行うなど引き続き機動的な金融政策運営を求める意見を述べた。その後、ゼロ金利政策継続案が議案にかけられ、賛成多数の結果となった